Обучение в ФГБУ «ФЦСКЭ им. В.А. Алмазова» осуществляется в соответствии с лицензией на право ведения образовательной деятельности № 0752 от 25 февраля 2011 года, выданной Федеральной службой по надзору в сфере образования.

Подготовка специалистов в Центре проводится в соответствии с положениями об организации обучения в ФГБУ «ФЦСКЭ им. В.А. Алмазова» и приказами Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации:

- Положение об организации обучения в клинической ординатуре в ФГБУ «ФЦСКЭ им. В.А. Алмазова»;

- Положение об организации подготовки в аспирантуре в ФГБУ «ФЦСКЭ им. В.А. Алмазова»;

- Положение об организации подготовки в докторантуре в ФГБУ «ФЦСКЭ им. В.А. Алмазова»;

- Положение об организации дополнительного послевузовского профессионального образования для специалистов с высшим медицинским образованием в ФГБУ «ФЦСКЭ им. В.А. Алмазова»;

- Приказ Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации «Об утверждении Квалификационных требований к специалистам с высшим и послевузовским медицинским и фармацевтическим образованием в сфере здравоохранения» от 07.06.2009 г. № 415-н;

- Приказ Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации «О номенклатуре специальностей специалистов с высшим и послевузовским медицинским и фармацевтическим образованием в сфере здравоохранения Российской Федерации» от 23.04.2009 г. № 210-н;

- Приказ Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации «Об утверждении порядка совершенствования профессиональных знаний медицинских и фармацевтических работников» от 09.12.2008 г. № 705-н;

- Приказ Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации «Об утверждении номенклатуры специальностей научных работников от 25.02.2009 г. №59».