Международное сотрудничество осуществляется в области совместных научных разработок и образовательных программ:

• Каролинский институт (Стокгольм, Швеция), Йельский университет (США) - в области подготовки специалистов по профилю «сердечно-сосудистая хирургия» и «рентгеноэндоваскулярная хирургия»
• Университет Луи Пастера в Страсбурге (Франция) - в области трансплантологии
• Кардиологический центр Милана (Италия)
  
• Университет Феррары (Италия), Айовы (США), Осло (Норвегия)
  
• Немецкий Институт питания человека (Потсдам, Берлин, Германия)

Наиболее важными направлениями международного сотрудничества являются:

1. Совместное проведение фундаментальных и прикладных исследований в области кардиологии, эндокринологии и гематологии.
2. Совместное проведение образовательных программ и учебных курсов в области диагностики и лечения заболеваний сердечно-сосудистой системы, эндокринологии и гематологии, а также лабораторной медицины.
3. Обмен научными и клиническими специалистами.
4. Образовательные программы для среднего медицинского персонала.
5. Совместное проведение научных и клинических семинаров, симпозиумов и конференций.
    

     С 2009 года на базе Центра совместно с учеными Каролинского Института проводятся курсы «Базовые методы молекулярной биологии в медицине» и «Современные технологии применения стволовых клеток». Научное и клиническое сотрудничество включает работу в области генетики наследственных заболеваний сердечно-сосудистой системы, атеросклероза, гематологии и онкогематологии, лабораторной медицины. Одним из приоритетных направлений является совместная работа в проекте, посвященном метаболическому синдрому, инсулинорезистентности и эндотелиальной дисфункции (фрагмент исследования «НИКА»). Важное значение для Центра имеет обучение специалистов в области лабораторной онкогематологии и цитогенетики, обмен клиническими специалистами в области эндоваскулярной хирургии и интервенционной кардиологии.

      В рамках договора о сотрудничестве между Фондом развития медицинской науки и образования им. В.А. Алмазова и Центром Сердца (госпиталь Йель-Нью Хейвен, Коннектикут, США) в 2009 году продолжалось обучение молодых российских специалистов Санкт-Петербурга и Северо-Западного региона Российской Федерации (в возрасте до 35 лет) в США сроком до 2 месяцев по различным областям кардиологии и кардиохирургии; осуществлялись приглашение ведущих специалистов Йельского университета в Центр для чтения лекций по актуальным проблемам в области кардиологии и кардиохирургии.

     В 2008 году ФЦСКЭ им. В.А. Алмазова первым из российских научно-лечебных учреждений был удостоен Европейским обществом по артериальной гипертензии (European Society of Hypertension) статуса «ESH Hypertension Excellence Centre».

     В 2009 году директор Центра член.-корр. РАМН Е.В. Шляхто и к.м.н. А.А. Костарева директор Института молекулярной биологии и генетики, входящего в состав Центра,  были избраны почетными членами Европейского общества кардиологов (Fellows of European Society of Cardiology). Перспективное направление международного сотрудничества в области научно-образовательной деятельности - проведение систематических моно- и политематических семинаров в системе непрерывного последипломного образования с привлечением ведущих зарубежных ученых.